Der um 4 Stufen erhöhte Altarraum im Osten ist vom Kirchenschiff durch die holzgeschnitzte Chorschranke (erbaut 1610) getrennt. In der Mitte der Chorschranke befindet sich der große Kielbogendurchgang mit der Triumphkreuzgruppe: In der Mitte Jesus Christus am Kreuz, seiner Mutter Maria und seinem Jünger Johannes an den Seiten. Der Triumphbogen bedeutet: Man muss durch das Kreuz durchgehen, sein Kreuz tragen im Leben, wenn man dem Auferstandenen begegnen will.
Der Altarraum liegt 4 Stufen höher, weil unter diesem eine Krypta liegt und zwar die Beisetzungsstätte für den Erbauer dieser Kirche Dietrich von Behr, seine 1. Ehefrau Elise Magdalene von Bothmer, seine 2. Ehefrau Dorothea v. d. Asseburg sowie seinen Bruder Johann. Es wird vermutet, dass Johann von Behr im Grabgewölbe unter dem Altarraum beigesetzt wurde, weil er in früheren Jahren seinem Bruder Dietrich den Altar als eine Schenkung für die Kirche übergab.
In der Mitte des Chores steht der Altar, dessen hölzerne Altarwand beachtenswerte Gemälde trägt: Auf der Predella ist das Abendmahl dargestellt, links und rechts davon die Einsetzungsworte, im Hauptfeld die Kreuzigung, auf den weit ausladenden Seitenwangen Geburt und Taufe Jesu, im Aufsatz das Jüngste Gericht, flankiert von Figuren mit Wappenschildern: links "Johann Behr" und rechts "Maria v. Bothmer 1610". Oben auf dem Altar steht Christus der Auferstandene mit der Siegerfahne in der Hand: Das Leben siegt über den Tod, der Auferstandene hat den Tod besiegt. Der Altar enthält 2 Säulen an den Seiten. Hinter jeder Säule ist eine Muschel zu finden, und zwar die Jakobsmuschel, das Erkennungszeichen der Pilger auf dem Jakobsweg nach Santiago de Compostela zur Grabstätte des Jüngers Jakobus. Aber auch Jodokus (auch Namensträger dieser Kirche) als Schutzpatron der Pilger trägt die Muschel in der Hand oder auf der Pilgertasche.
Die Rundungen unter den Säulen sollen Granatäpfel bedeuten, das Symbol für die Fruchtbarkeit und für die Ehe. Die Kerzen auf dem Altar sind Zeichen der Gegenwart Gottes.
Das Altarkreuz zeigt den Tod und die Auferstehung Jesu Christi. Die Bibel liegt vor dem Kreuz. Auf dem Antependium am Altar (der Verkleidung der Front des Altars) ist das Lamm Gottes zu sehen. Es bedeutet Jesus Christus als unschuldiger Sündenbock für die Sünden der Menschen. Außerdem ist die Lutherrose auf dem Vorhang und an den Seiten die vier Evangelisten Mathäus, Markus, Lukas und Johannes. Diese Kirche war immer evangelisch.
In Bezug auf den Altar gibt es eine interessante Vermutung. Der Bauherr Dietrich von Behr hat vermutlich die Stellichter Kirche in Anlehnung an die Celler Schlosskapelle gebaut. Grund für diese Überlegung ist das Altarbild und das Himmelfahrtsepitaph. Diese Bilder ähneln sehr den Malereien der Celler Schlosskapelle. Die Malereien im Celler Schloß können also von dem selben Maler stammen. In Celle wurden die Gemälde von dem Maler Marten de Voss erstellt.
Beiderseits des Altars befindet sich das Patronatsgestühl, die Priechen, mit der Jahreszahl 1610.
Nord- und Südprieche sind architektonisch gegliedert, kunstvoll geschnitzt und bemalt, mit kassettierten Decken und aufgesetztem Schleierwerk. In der Südprieche sitzt die Familie von Behr zu den Gottesdiensten. In der Nordprieche saß früher der Pastor, jetzt nicht mehr.
Jetzt werden z. B. Materialien für den Kindergottesdienst hier aufbewahrt, der alle 14 Tage nach den Gottesdiensten hier im Altarraum stattfindet.
An den Fahnenstangen oben hingen früher die Fahnen der Familie von Behr.
Die Schwerter unter den Familienwappen rechts und links an den Wänden im Altarraum sind Zeichen für die Gerichtsbarkeit, die 1471 bis 1852 bei den von Behrs lag.
Die drei Fenster hinter dem Altar wurden 1901 bei der ersten Restaurierung der Kirche mit Buntglas verziert, allerdings kurz vor Kriegsende durch Sprengung der nahe liegenden Brücke wieder zerstört, so dass nur noch ein Fenster fast bunt geblieben ist.
Iris Borchert, Küsterin in Stellichte